頻域和時域分析的理論基礎都來自一維波動方程（振動方程），只不過是求解方式和分析側重點不同，前者以富利葉展開和頻域分析為主，后者則通過特征線及特征線上相容關系的求解，重點分析信號的時域特征，無論如何，二者的分析結果應當一致。頻域分析的優點是容易識別各種與樁土特征無關的干擾成份，可以大體確認缺陷的形成部位。缺點則是計算缺陷位置的精度不夠，缺陷性質不很明確，容易將深部缺陷的多階諧振與淺部缺陷基頻弄混，同一缺陷的多階諧振峰與頻差也不易尋找。時域分析的優點是缺陷性質（擴縮頸）、缺陷位置一目了然，計算也較準確；但是各種干擾成份對其影響較大，淺部缺陷的多次反射容易與深部缺陷的反射混淆。

基于上述情況，我們可以利用頻域分析來判斷干擾成份（特別是諧振干擾和50Hz交流干擾）確定缺陷位置和深部缺陷存在的可能性，為時域分析提供處理方案和參考缺陷，然后在時域中采用濾波等處理排除各種干擾，分析缺陷位置、缺陷性狀和淺部缺陷，這些分析必須與頻域結果對應，反過來常用于指導解釋頻域中存在的各諧振峰。

值得一提的是，有時候時域不能確定樁底反射和深部缺陷，頻域里反而有其頻差或基頻；頻域分析還能很好地判斷振源效果。在頻域推求缺陷位置時，首先應將各振蕩主峰視作各自缺陷的基頻，其次尋找相同特征的峰點求頻差（這一過程較復雜，只有慢慢體會），而真正正確的答案應與時域曲線結合給出。